自学校成为“211工程”重点建设大学后，理工学院迎来了跨越式发展的十年。学系、专业扩充，管理体制改革继续深化，以适应华侨高等教育及国家经济发展的新需求。本科教育改革持续推进，成效日显，研究生教育飞速发展，形成了完整的人才培养体系。学科建设、实验室建设、科研工作卓有成效，科研成果丰硕，学院的学术地位大幅提升。
一 学院机构与专业调整
为适应“211工程”建设的新形势、新要求，理工学院的学系及专业大幅扩充且变动甚剧。作为理工学科的孵化平台，在新的学系专业不断增加的同时，亦孕育了生科院和信科院两大学院，对学校理工学科的发展贡献甚巨。与学校人事、薪酬制度改革相伴随，理工学院率先推行以院为实体的管理体制改革，给院系体制带来了巨大的变化。
（一）系、所、专业的变动
为更好地面向21世纪办学，更好地从事“211工程”建设，学校根据自身特色和学科发展需要，决定积极发展生命、信息、材料等前沿学科，加快发展经济、管理、新闻等优势学科，对院系进行大幅度调整和新建，10年间新增13个学院、23个教学系、45个隶属于学院的研究所（中心）、31个本科专业。在这一背景下，理工学院的学系及专业经历了巨大的变动和调整。
1997年，通信工程本科专业获批成立。
1997年5月，数学力学研究所更名为应用力学研究所。
1999年3月，学院原有的生物工程学系、化学系、生物医学研究所、生物工程研究所、生殖免疫研究中心、组织移植与免疫实验中心、水生生物研究所共2系5所（中心）独立出去，组建为生命科学技术学院。
2000年5月，土木工程系成立，同年，土木工程本科专业获批；
2001年4月，学院原有的数学系、电子工程系、计算机科学系独立出去，组建为信息科学与技术学院。至此，理工学院原来的教学系仅剩下物理学系。
2001年6月，食品科学与工程系、环境工程系成立。
2002年，材料科学与工程本科专业获批成立。
2003年3月，环境工程研究所成立，7月，光电工程研究所成立，同年，环境工程本科专业获批设立。
2004年4月，土木工程系更名为力学与土木工程系；6月，材料科学与工程系成立；同年，食品质量与安全、工程力学2个本科专业获批成立。
2005年4月，赤潮与水环境研究中心成立；5月，公共安全研究中心成立，光电工程系成立。
到2005年底，理工学院经历一系列分合、缩减、再扩充后共有6个教学系、7个研究所（中心）、10个本科专业。
6个教学系为：物理学系（含应用物理学专业）；
食品科学与工程系（含食品科学与工程、食品质量与安全专业）；
力学与土木工程系（含工程力学、土木工程）；
环境工程系（含环境科学、环境工程专业）；
材料科学与工程系（含材料科学与工程专业）；
光电工程系（含信息工程专业）。
7个研究（所）中心为：应用力学研究所、环境工程研究所、光电工程研究所、赤潮与水环境研究中心、公共安全研究中心、食品科技研究中心、电力电子研究所。
暨南大学1996年进入“211工程”重点建设大学行列后，学校积极构建符合“侨校”特色和教育规律的管理体系，在学院管理、人事聘任及收入分配、制度建设等诸多方面进行了大刀阔斧的调整，也给理工学院的院内管理体制带来了积极有效的变革。
自1996年始，学校推行校内工资制度。学院依据校相关文件，对教职工全面实行工作量化考核，根据两级考核、评分结果发放校内工资。此次俗称“工分制”的薪酬制度改革，极大地促进了教职工的工作积极性。
同年，学院依照学校规定，对院内各单位人员进行人事定岗定编，实行聘任制。
1999年5月，理工学院率先推行以学院为实体的管理体制，其主要内容是强化学院一级的职责，虚化系、所、中心的职能。
2005年1月，马宏伟教授正式出任理工学院院长，成为学院历史上首位通过公开招聘方式担任院长的学者。
二 教学工作与管理
这一时期，学院依照学校相关政策，继续加大教师队伍建设，使得学院师资队伍的学历结构和职称结构得到了明显改善，教学实施建设方面亦稳步推进。同时全面推行、完善以标准学分制为核心的教学制度，深化分流教学，以解决内外招生教学中的矛盾，促进内、外招两类学生培养质量的提高。研究生教育飞速发展，形成了科硕、专硕和博士较为完整的研究生培养体系和制度，而本科以下的其它层次学生的培养转交学校成人教育机构，以专心于本科以上学生的培养。
“九五”“211工程”建设期间，刘人怀校长被遴选为中国工程院院士，成为为数不多的跨学科学科院士之一。2002年4月，聘请中国科学院陈星旦院士为理工学院名誉院长。
到2006年，学院有教职员工180人，其中中国科学院院土、中国工程院院士各1人，正高职称教师39人副高职称教师47人；博士学位拥有者76人。有研究生导师69人，其中博士生导师20人，硕士生导师49人。有4人次担任教育部2006-2010年有关科类教学指导委员会委员:刘人怀任力学教学指导委员会主任委员，马宏伟任力学教学指导委员会秘书长，周长忍任生物医学工程专业教学指导委员会委员，陈哲任光电信息科学与工程专业教学指导分委员会协作委员。学院拥有4个省部级重点实验室，1个厅级重点实验室，分别是“重大工程灾害与控制”教育部重点实验室、“人工器官与材料”教育部工程中心、广东省物理实验教学示范中心、广东省高等学校科研型重点实验室“工程结构故障诊断重点实验室”、广东省教育厅现代电子技术重点实验室光电子技术分室。
如前所述，理工学院是学校最早推行学分制的学院之一，后在全校实行。经过多年研究和探索，形成了颇具特色的弹性学分制（标准学分制）。
1998年始，学校改按年收学费为按学分收费，并实行导师制，由院内各学系选取教师指导学生的选课、学习等活动。到2003年，作为激励措施，又设立校长免费学分奖励金制度。多项举措之下，标准学分制更趋完善，效果更加显著。
成为“211工程”重点大学后，加大研究生教育力度，促进学校办学层次的提高乃各学院教学工作的重点内容。理工学院的研究生教育因之迎来了飞速发展的良好时机。
到2005年底，学院设有工程力学博士学位点，另有13个硕士学位授予专业，分别是：凝聚态物理、光学、一般力学与力学基础、固体力学、流体力学、工程力学、食品科学、粮食、油脂及植物蛋白工程、光学工程、材料学、环境科学、环境工程、结构工程等。
三 科研工作与科研成就
在这十年间，理工学院的科研工作呈现加速发展的趋势，重点学科建设、实验室建设稳步推进，科研成果丰硕。学院教师中有多人担任高级别的学术要职，科研成果不少获得重要奖励和荣誉，为提升学校和学院在学界及社会上的知名度贡献甚多。
在这一时期，理工学院的科研工作呈现加速发展的趋势，重点学科建设、实验室建设稳步推进，为学院的教学科研工作奠定了良好的基础。1999年，当时尚属理工学院的生物医学工程、水生生物学、计算机软件与理论3个学科入选广东省高校重点学科。2003年，工程力学和学校的其它7个学科一起被批准为国务院侨办重点学科，有力推进了学科建设水平的整体提升。在重点实验室建设方面，1996年1月，广东省高教厅重点实验室——现代电子技术实验室启动，总投资300万元，成为学校获得广东省高教厅资助的第一个大额度投资项目。
随着科研水平的提升，学院教师中有多人担任国家级学会或相关科研机构的重要职务，举其要者有：
自1989年起，刘人怀教授一直担任中国仪表元件学会理事长；
1997年，刘人怀教授被选为中国力学学会副理事长；
1998年，齐雨藻教授当选为赤潮工作组中国委员会主任；
2000、2003年，刘人怀院士先后当选为国家自然科学基金委员会力学学科评审组成员；教育部科学技术委员会管理科学部主任、中国振动工程学会理事长、中国复合材料协会副理事长、中国仪器仪表学会常务理事；
2004年，刘人怀院士成为中国工程院工程管理学部常委，黄耀雄教授被选为中国医学物理学会副理事长，唐书泽教授被选为中国畜牧产品加工研究会储藏与保鲜专业委员会主任，张森文教授被选为中国振动工程学会随机振动专业委员会理事长；
2006年，刘人怀院士被选为中国工程院管理学部副主任。
学院还特别注意通过举办学术会议等加强与校外学界的联系。如2002年6月26-28日，暨南大学承办了“中国首届光纤激光器的研究与应用研讨会”。
在科研成果的获奖方面，理工学院亦收获颇丰，有多项成果获得省部级以上政府奖励：
1997年，刘人怀教授完成的板壳非线型理论与计算荣获广东省自然科学奖一等奖，使学校在广东省政府一等奖方面实现了零的突破；
1998年，杞桑、齐雨藻、黄伟健共同完成的珠江下游污染生态及水质评价研究、刘人怀、王璠共同完成的复合材料结构的分析与计算获国务院侨办科技进步一等奖；
1999年，刘人怀、何陵辉、王璠共同完成的复合材料结构的分析与计算、韩博平完成的生态网络分析方法理论问题与应用获得广东省高校科技进步一等奖；
2005年，刘人怀、何陵辉、成振强、王璠、王志伟、袁鸿、徐加初共同完成的复合材料基本力学问题的理论研究，获广东省科学技术一等奖。
此外，理工学院还有多项成果获得省部级政府奖励二等奖：
1996年，朱伟杰、刘学高、李世勤、文任乾、王春潮共同完成的人类冷冻精子研究；张子安、齐雨藻共同完成的硅藻分类学与生态学研究，获得广东高校科技进步二等奖；岑颖洲、伍秋明、许少玉、陈自立、林潮平、李药兰、孔少伟共同完成的粗老茶叶的深加工综合利用，获广东省科技进步二等奖；
1997年，杞桑、黄伟建、齐雨藻共同完成的用水生生物对河流污染的评价，获广东省高校科技进步二等奖；生殖免疫研究中心被国家卫计委授予“计划生育先进科研集体”称号；林剑、刘学高荣获国家计委、国家科委、财政部颁发的国家“八五”科技攻关有突出贡献的荣誉证书；林剑荣获国家科委、计委、财政部“八五”科技攻关成果奖；
1998年，尹伊伟、王朝晖、林小涛共同完成的拟除虫菊脂农药对水生态系统的影响及防护研究，获广州市环境保护科技进步二等奖；黄长江、齐雨藻、杞桑等共同完成的广东大鹏湾浮游植物生态学和赤潮发生机理研究获广东省高校科技进步二等奖；樊锁海完成的图及其同态幺半群，冷延家、张玲敏共同完成的中国白蛉亚科昆虫研究获国务院侨办科技进步二等奖；
1999年，韩博平完成的生态网络分析方法理论问题与应用，获广东省自然科学二等奖；
2003年，李明玉、唐启红、尹华、李桂敏、桂海宽、汪平、陈伟红、牛谦、万绍明、张新舜、黄发强、崔元臣、王黎、汪海、刘健共同完成的新型聚硅酸复合混凝土产业化及其应用获教育部提名科技进步二等奖；
2004年，欧阳东、何汉林、胡波、余力超、叶来福、姚三友、李建友、郑耀宗共同完成的矿物减水理论与高性能掺和料和超高性能混凝土，获广东省科技进步二等奖；
2005年，欧阳东完成的一种稻壳焚烧装置及其产出的纳米结构SiO2获第十五届全国发明博览会银奖。