1986年至1996年，是暨南大学全面贯彻执行“面向海外，面向港澳”办学方针，在改革开放中不断前进的10年。理工学院依照学校整体规划，突出办学特色，抓住历史机遇，深化改革，无论教学科研，均取得了较好的成绩。
一 专业调整及规模扩充
学院依据学校“两个面向”办学方针的要求，并按照“重视基础，突出应用”的原则，在1986至1996年的10年间，对院内一批专业（主要是老专业）进行了调整和改造，以增强其应用性、适外性和科学性。与此同时，配合学校相关制度改革，强化教师队伍的建设和教学科研实验室的建设，使得教师结构更趋合理高效，教研设施更加完善，为学院的教学科研水平的大幅提升提供了充足的保障。
（一）专业的调整与改革
复办初期，暨南大学基本上还是按照国内本科教育的一般模式办学，与海外、港澳地区的需要不相适应。1983年，学校党政领导认真贯彻“两个面向”的办学方针，积极探索，大胆实践，努力把我校办成一所具有特色的华侨高等学府。自1986至1996年间，暨大结合侨校特色，在认真总结办学经验的基础上，深化教学改革，坚持以教学为中心，加强课程建设和师资队伍的建设，严格教学管理，增加对教学的投入，改善教学条件，使本科生、研究生教学的质量不断得到提高。与此同时，学校通过调查考察和对外教育学术交流，了解国外、港澳地区对于人才的需求状况及高等学校办学的经验，并结合对暨大毕业生追踪调查和信息反馈，根据国家经济建设和社会发展的需要，积极而稳妥地进行专业设置的调整和改革。
在本科教育方面，暨南大学的定位是培养应用性的人才。在专业改造上，对专业设置坚持“应用性和涉外性”的原则，围绕此原则调整或新设专业。关于专科教育，以暨大的地位和办学宗旨，都不宜再将此作为主要的层次，故学校领导决定从1996年起，大大减少专科招收计划，首先在校本部全日制上将不再办专科教育，而只办本科生和研究生教育，专科教育作为继续教育归纳到成人教育。
根据“两个面向”办学方针的要求，并按照“重视基础，突出应用”的原则，在1986至1996年的10年间，学校对一批专业（主要是老专业）进行了调整和改造，以增强其应用性、适外性和科学性，并开设了一批适应海外和港澳地区需要、国家经济建设和社会发展急需的新专业。自1986年以后，全校共增设了8个新专业，其中理工学院增设了信息工程专业（1994年）。到1995-1996年度，理工学院共有6系10个专业，规模有所扩充，分别是：
数学系：数学专业、管理信息系统专业；
计算机科学系：计算机软件专业；
物理学系：应用物理专业、信息工程专业；
电子工程系：电子工程专业；
化学系：应用化学专业、食品科学与工程专业；
生物工程系：环境工程专业、生物工程专业。
1988年12月份学校召开师资工作会议后，加快了师资建设的步伐，并明确了师资建设的主要方向，即，应把培养青年教师、重点教师列为工作重点，要广开渠道，多派中青年教师出国、赴港或到国内重点大学进修，同时认真做好职称评聘工作。
在教学和试验实施建设方面，理工学院的实验室建设在学校的支持下亦取得了长足的进步。十年中，学校在“填平补齐”的前提下，抓重点实验室的建设。经过多方面努力，全院实验课程开课率大为提高，1995年5月22日至23日，广东省高教局专家组对暨大基础实验室和专业基础实验课进行了评估，学校是全省高校实验室评估中全部合格的第一所学校。由此可见理工学院实验室建设成效之一斑。
二 学生培养机制的改革与深化
这十年间，理工学院的本科教育改革不断推进，日渐深化，效果凸显。与此同时，研究生教育亦取得长足发展，授权招收学生的硕士点稳步增长。其他层次的办学同时进行，为地方社会经济的飞速发展培养了大量的实用性人才。
为了全面、深入地贯彻“两个面向”的办学方针，学校切实加强对教学工作的领导，积极进行教学改革的实践和探索，并注意认真总结经验，把教学改革不断引向深入。对理工学院而言，这十年亦是本科教育改革不断推进、深化的十年。
概况这一时期理工学院的教学改革内容，主要有：
第一，参与学校组织的重点课程建设。
第二，重视学生“三语”、“两课”（大学语文、大学英语、计算机英语基础、马克思主义理论课、德育课）的学习。
第三，从1993年秋季起，和全校学生一起实行标准学分制。
第四，从1993年9月起，安排教授、副教授给本科学生上基础课。还成立了专家听课组，建立校、院、系领导的听课制度，并开展课堂教学评估，对教师课堂教学的质量进行评估。
第五，开展丰富多彩的学生第二课堂活动。
众多举措之下，理工学院的教学改革成效显著。1994年12月，国家教委应用化学专业评估组对应用化学专业的办学水平和教学质量进行了评估。该专业经评定成绩为优良，是得到专家组加分的少数学校之一。
与此同时，理工学院各学系还适应社会需求，举办了多个大专、中专、进修班。
在1986至1996年的10年间，理工学院的研究生教育取得长足发展，博士点和硕士点增加，对外招生和办学规模都进一步扩大。
1990年9月，国务院学位委员会批准学校11个硕士点，其中理工学院有无线电电子学、无机化学、遗传学、计算机软件等4个硕士点。翌年9月，国务院学位委员会批准学校20个学科、专业有权开展授予在职人员硕士学位的工作，这其中包含理工学院的凝聚态物理、光学、分析化学、发育生物学、生物化学等专业。
截至1996年3月，理工学院博、硕士点下：
固体力学博士生导师刘人怀挂靠上海同济大学招收博士研究生；
硕士点包括：基础数学、光学、凝聚态物理、无线电电子学、计算机软件、无机化学、分析化学、生物化学、动物学、生理学、水生生物学、发育生物学、寄生虫学、生物医学工程、遗传学、环境生物学等。
三 科研工作和科研成就
理工学院的科研工作，充分发挥学科门类比较齐全的优势，突出重点，搞好基础学科研究，着眼开展新兴学科、边缘学科、交叉学科研究，大力加强应用学科和高新技术的研究和开发。在这10年间，尤其是在“八五”规划期间，学院的科研工作有了一定的发展，呈现逐步攀升的趋势。
为了适应我国科技体制改革的新形势，1988年5月中下旬，学校召开复办以来首次全校的科研工作会议。会议的主题是学习领会党的科技工作的方针，总结学校复办以来科研工作的经验，探索如何使学校的科研工作更好地面向经济建设的主战场，更好地为提高教学质量、培养人才服务。会议在充分肯定成绩的同时，也指出了一些不足。比较突出的问题是：科研经费不足；科研成果发表较困难；在国内外影响大的成果不多；各学科之间和各单位之间联系攻关的项目不多；对青年教师的研究工作支持不够等。这次会议对推进包括理工学院在内各学院科研工作的展开具有积极意义。
根据科研工作发展的需要和学术实力，理工学院依照学校部署，增设了数学力学研究所。至此，理工学院共设有生物医学工程研究所、水生生物研究中心、生物工程研究所、数学力学研究所、电子电力研究所、食品科技研究中心、信息网络工程研究中心等专门的科研究构，有助于学院科研工作的大力开展。
1993年学校决定，以重点学科建设为龙头，进一步深化教育改革，以形成学校学科的优势和特色，促进教学科研水平上一个新台阶，最后确定9个学科为学校的首批重点建设学科，其中就有理工学院的遗传学、水生生物学。同年，经国务院侨务办公室审核批准，将学校的9个重点学科列为部级重点学科。重点学科的建设，在学院的教学、科研、培养人才等方面发挥了重要的作用，并很快取得了突出的成绩，承担了国家级的科技攻关项目和国家自然科学基金项目，以及部级、省级的科研任务。
理工学院各学系还积极举办学术研讨会，加强对外的学术交流活动。如1988年10月3日至7日，受中国计算机学会委托、由暨大理工学院计算机科学系负责筹备的全国首届智能科学研究会，在学校举行。
自1986年后的10年间，理工学院的科研成果，不仅数量不断增加，而且层次也有了提高。除了取得大量科研项目外，还有许多科研成果获得部委级、省级的奖励。仅在1991年，学院就有20项科研成果获得《广东省重大科技成果登记证书》。因篇幅所限，只列其要者简单介绍。
刘人怀教授从20世纪70年代开始，在国际上率先开展夹层板壳结构这一领域的研究。在世界上第一次讨论了表层抗弯刚度的影响，建立了夹层圆板的非线性弯曲理论。同时，又建立了一致有效的夹层壳的大挠度理论和复合材料面层夹层板中移动一致有效理论，成果包括专著1本和学术论文7篇。为此，刘人怀的工作获得国务院侨务办公室首届科技进步奖一等奖。
林剑教授从1989年着手进行“碱性成纤维细胞生长因子”（BFGF）的研究开发工作，由他主持的“碱性成纤维细胞生长因子”（BFGF）项目被列为国家级“八五”科技攻关项目，他带领青年科技人员进行攻关，提前1年多完成任务。1994年，林剑、何俭等的“碱性成纤维细胞生长因子的研究与开发”，获广东省科技进步二等奖、广东省高教科技进步奖一等奖。
水生生物研究所齐雨藻教授所主持的“中国东南沿海赤潮发生机理研究”，是学校获得的第一个国家自然科学基金重大项目。齐雨藻、吕颂辉等的“南海赤潮藻类和海洋褐细胞类赤潮”，获国家教委1994年科技进步奖二等奖。