1929年春，理学院在理工诸系的基础上正式成立。在抗战前的7、8年间，虽中经1932年“一·二八”战事之乱，但学院发展初具规模，教师选聘得人；课程设置合理，能兼顾国内及南洋学生之实际需求；教学、学生管理渐上正规，有章可循，整体如同国立暨南大学一样，呈蒸蒸日上之势。
一 从早期的理科教育，到大学建制，理学院组建
大学建制前，受新式教育影响，暨南学堂和暨南学校均设有理科课程，带有鲜明的新旧杂陈色彩。1927年国立暨南大学成立后，理工诸学系陆续招生并以此为基础于1929年设立理学院，但学系设置未如初愿，实际设立数学、物理、生物与化学4系，确定了理学院的基本规模。
（一）早期的理学教育
众所周知，暨南学堂的创办，与清政府“宏教泽”、“系侨情”、“弥隐患”的考虑息息相关。由于学生主要来自南洋，协助参与暨南学堂筹备的郑洪年和江宁提学使陈伯陶建议用“暨南”作校名，为端方所采纳。
1908年春，暨南学堂开设中学，添聘教员，购置理化仪器、博物标本，气象为之一新。
1918年，暨南学堂复办，更名为“国立暨南学校”。依据黄炎培等拟定的《暨南学校章程》，理科课程为其中重要的教授内容。
1919年正月，暨南学校将原有的补习科改办为中学科，分为四个年级，自三年级起分设文科和理科，是为暨南早期教育文理分科之始。
1923年起，暨南各部陆续迁到上海真如后，仍称国立暨南学校，其主体仍为中学性质，学制比较丰富全面，从商科大学到小学，层次分明。高中部设有商科专业、文理科专业、师范科专业，学制各3年。
（二）大学建制，组建理学院
1927年夏，南京国民政府大学院任命郑洪年接任校长。鉴于北伐战争后政局既定，南洋华侨对华侨高等教育的期盼，郑洪年决心对暨南进行彻底改组，除旧布新，最要者是将暨南学校改组为一个完善的大学。暨南大学计划采取通行的学院制度，分设六个学院，即文哲学院、社会科学院、自然科学院、农学院、商学院、艺术学院。自然科学院本学期设立数学系，该学院计划陆续设立的学系还有心理学系、物理学系、化学系、生物学系、地质学系。农学院计划设立农学系和林学系两个专业学系。
1927年9月5日，学校隆重举行国立暨南大学开学典礼，正式宣告国立暨南学校正式升格为国立暨南大学，理学各学系的创设与招生工作依次展开。该年秋，数理学系开始招生一年级新生，而生物学系亦进入筹备落实阶段，准备次年招生。到1929年，原来分设自然科学院和农学院的计划放弃，而改设理学院，下设数学、物理学、生物学3个学系，翌年增设化学系。该年新设学院还有文学院、教育学院（次年又增设法学院）。理学院因此而成为暨南教育史上较早设立的学院之一。
理学院建院之始，即强调延聘名师硕学，任教者多为国外留学学有所成者，此外，虽未出国留学，但学有专长、为国内知名学者亦不乏其人。在课程设置及教学上，以理论与实践结合为原则，注意适应南洋华侨所处的特殊环境，传授有关的知识和技能，以造就专门人才，同时推行学分制和主系、辅系制，以期打下学生专业知识之基础并扩充知识面。
1932年1月28日，日本军队袭击上海，驻守上海的国民政府第十九路军奋起抵抗，是为“淞沪抗战”。3月3日，暨南大学真如校舍为敌军所占，学校决定在学生较为集中的上海租界、苏州、广州三地分别办学，并为照顾战区失学学生，酌收借读生。当时，暨南大学在三地的学生共1700余人。理学院亦因此在广州和上海租界同时办学。《淞沪停战协定》于当年5月5日签字，侵占真如校区的日军于5月23日撤走。学校即抓紧修复校舍。9月，上海外国租界、苏州、广州三处学生回到真如上课。此次战争给暨南大学带来了巨大的损失，仅就理学院而言，“仪器标本损失殆尽。复课后，经费支拙，难复旧观”。1932年9月，国民政府教育部派员视察暨南大学后，令其缩小规模，裁撤教育学院和法学院，同时调整文、理、商三院学系设置，理学院设立数学系、物理系和化学系，生物学系停办。回迁真如后,生物学系虽然停办，但直至抗战前，政局相对安定，加上主校者办学有方，一面完善各项制度，整顿校风学风，同时大力推进学校各项建设，使得暨大在很短的时间内呈现出欣欣向荣的景象，理学院亦达致建院以来最鼎盛的时期。
战前数年间，理学院学生招收和毕业均属正常，但与商学院等其它学院相较，招收和毕业学生数较少，而侨生比例尤低。这一状况，与侨生的基础及专业兴趣有关，且一直延续至今。如1932年第二学期，数学系8人，物理学系18人，化学系23人，理学院学生总数49人。而同期文学院学生数为445人，商学院为104人，此外还有一年级未列入各学院的学生222人。在各院中，理学院学生最少。
20世纪30年代的暨南大学，学生活跃，社团众多，课外活动极为丰富，理学院学生亦不例外。据《国立暨南大学学生课外活动调查表（1933年度上半期）》记载，当时与理学院直接相关的学生社团有二：一是“科哲学社”，成立于1932年9月，以研究学术为宗旨，有会员34人，负责人沈振年、何家槐，出版刊物《科哲学报》；一是理学院同学会，成立于1932年10月，以研究学术，联络感情为宗旨，有会员65人，负责人沈振年、洪蓉，出版刊物《理学院季刊》。为提高学生的研究兴趣，学院还特准学生组织理科研究会，借以养成学生自主研究的精神。